Giriş sayfasında sadece flash intro olacaksa Dreamweaver'ın karşılama ekranında PHP seçmenize gerek yok. HTML sayfası açıp. Insert > media > flash sekmesinden introyu bulup eklersiniz. File > save as'den index.php olarak kaydedebilirsiniz.
Ancak açık yazmadığınız soruda, "çeşitli sorunlar" ı anlamış değilim. Program mı hata veriyor, flash mı görünmüyor...